Les deux plus importants points sur lesquels s'appuient les biologistes évolutionnistes, en prétendant que l'archæoptéryx est une forme transitoire, sont les serres présentes sur ses ailes et ses dents.

Il est vrai que l'archæoptéryx dispose de serres sur ses ailes et de dents dans sa gueule, mais ces traits n'impliquent en aucun cas un quelconque lien entre cette créature et les reptiles. Car deux espèces d'oiseaux qui existent actuellement, le touraco et le hoazin, disposent également de serres qui leur permettent de s'agripper aux branches. Ces deux espèces sont des oiseaux à part entière sans aucune caractéristique propre aux reptiles. C'est pourquoi l'argument selon lequel l'archæoptéryx est une forme transitoire juste parce qu'il disposait de serres sur ses ailes, est sans fondement.

Tout comme l'archæoptéryx, l'oiseau Opisthocomus hoazin, qui vit à notre propre époque, possède des ongles en forme de griffes sur ses ailes.

Les dents de l'archæoptéryx n'impliquent pas plus qu'il s'agit d'une forme transitoire. Les évolutionnistes sont dans l'erreur en avançant que ces dents sont des caractéristiques propres aux reptiles, car les dents ne sont pas une caractéristique inhérente aux reptiles. De nos jours, certains reptiles ont des dents tandis que d'autres n'en ont pas. De plus, l'archæoptéryx n'est pas la seule espèce d'oiseaux à posséder des dents. Il est vrai qu'il n'existe plus d'oiseaux pourvus de dents de nos jours, mais lorsque nous examinons les fossiles, nous nous apercevons aussi bien qu'à l'époque de l'archæoptéryx qu'à des époques récentes, il existe un groupe d'oiseaux distincts pouvant être nommés "oiseaux à dents".

Le point le plus important, c'est que la structure des dents de l'archæoptéryx et des autres oiseaux est tout à fait différente de celle de leurs prétendus ancêtres, les dinosaures. Des ornithologues célèbres comme L. D. Martin, J. D. Stewart et K. N. Whetstone ont constaté que les dents de l'archæoptéryx et des autres oiseaux similaires avaient une base resserrée et de larges racines. Or, les dinosaures théropodes, les prétendus ancêtres de ces oiseaux, avaient des dents en forme de scie avec des racines droites.99 Ces chercheurs ont également comparé les os des pattes de l'archæoptéryx à ceux de leurs prétendus ancêtres, les dinosaures théropodes, et n'ont observé aucune similarité entre eux.100

Les études d'anatomistes tels que S. Tarsitano, M. K. Hecht et A.D. Walker ont révélé que certaines similarités avancées par John Ostrom et d'autres, entre les membres de l'archæoptéryx et ceux des dinosaures, étaient en réalité des interprétations erronées.101 Par exemple, A.D. Walker a analysé la région entourant l'oreille de l'archæoptéryx et a découvert qu'elle était identique à celle des oiseaux actuels.102

En outre, J. Richard Hinchliffe, de l'Institut de sciences biologiques de l'Université du pays de Galles, a étudié les anatomies des oiseaux et celles de leurs prétendus ancêtres reptiles en utilisant les techniques isotopiques. Il a découvert que les pattes avant des dinosaures étaient pourvues des doigts I-II-III, alors que les pattes avant d'oiseaux étaient pourvues des doigts II-III-IV. Cela pose un grand problème à ceux qui défendent la thèse du lien archæoptéryx-dinosaure.103 Hinchliffe a publié ses études et observations dans Science en 1997, où il a écrit :

Les doutes à propos de l'homologie entre les doigts des théropodes et des oiseaux nous rappellent certains autres problèmes de l'hypothèse d'"origine dinosaurienne". Ceux-ci comprennent ce qui suit : (i) la patte avant du théropode qui est bien plus petite (par rapport à la taille du corps) en comparaison de l'aile de l'archæoptéryx. De tels petits membres ne sont pas convaincants en tant que des proto-ailes pour l'origine du vol chez les dinosaures relativement lourds. (ii) La rareté chez les théropodes de l'os semi-lunaire du poignet connu seulement chez quatre espèces (y compris le Deinonychus). La plupart des théropodes disposent d'un nombre relativement élevé de parties de poignet difficiles à comparer avec celles de l'archæoptéryx. (iii) Le paradoxe temporel : la plupart des dinosaures théropodes, et en particulier les dromæosauridés ressemblant aux oiseaux, sont tous beaucoup plus récents selon les archives fossiles que l'archæoptéryx.

Comme le note Hinchliffe, le "paradoxe temporel" est l'un des faits qui ont porté un coup fatal aux allégations sur l'archæoptéryx. Dans son livre, Icons of Evolution (Les icônes de l'évolution), le biologiste américain Jonathan Wells remarque que l'archæoptéryx est devenue "l'icône" de la théorie de l'évolution alors qu'il existe des preuves claires qui démontrent que cette créature n'est pas l'ancêtre des oiseaux. Selon Wells, une des preuves est que les dinosaures théropodes - les prétendus ancêtres de l'archæoptéryx - sont en réalité plus jeunes que l'archæoptéryx : "Des reptiles à deux pattes qui marchaient sur le sol et qui avaient d'autres caractéristiques que l'on pourrait attendre chez un ancêtre de l'archæoptéryx, sont apparus bien plus tard."104

Tout cela montre que l'archæoptéryx n'est pas un lien transitoire, mais seulement un oiseau appartenant à une autre catégorie pouvant être dénommée "oiseau à dents". Etablir un lien entre cette créature et les dinosaures théropodes est totalement infondé. Le biologiste américain Richard L. Deem, dans sont article intitulé "Fin de la théorie 'les oiseaux sont des dinosaures'"), écrivit au sujet de l'archæoptéryx et de l'évolution "dinosaures-oiseaux" :

Les résultats des récentes études montrent que les pattes des dinosaures théropodes dérivent des doigts I, II et III, tandis que les ailes des oiseaux, bien qu'elles se ressemblent en termes de structure, dérivent des doigts II, III et IV. Il y a d'autres problèmes inhérents à la théorie "les oiseaux sont des dinosaures". Comparées à celles de l'archæoptéryx, les pattes avant des théropodes sont très petites par rapport à leur corps. La petite proto-aile du théropode n'est pas convaincante, surtout si l'on considère le poids lourd de ces dinosaures. La grande majorité des dinosaures théropodes ne disposent pas de l'os semi-lunaire du poignet et disposent de parties de poignet ne correspondant pas aux os de l'archæoptéryx. En outre, chez presque tous les théropodes, le nerf V1 ainsi que d'autres nerfs quittent le crâne sur le côté, alors que chez les oiseaux, il quitte le crâne par l'avant en passant par un orifice qui lui est propre. Il existe aussi le problème mineur qui est l'apparition d'une grande majorité de théropodes bien après celle de l'archæoptéryx.105