Un autre facteur démontrant l'impossibilité du scénario de l'évolution reptile-oiseau est la structure des poumons aviaires, qui ne peut pas être expliquée par l'évolution.

Chez les créatures terrestres, le courant d'air est bidirectionnel. A l'inhalation, l'air traverse les voies pulmonaires (tubes bronchiques), se terminant par de toutes petites alvéoles. C'est là que se produit l'échange d'oxygène et de dioxyde de carbone. Puis à l'expiration, cet air utilisé ressort des poumons par la même voie.

Chez les oiseaux cependant, l'air est unidirectionnel. Le nouvel air entre par une extrémité et l'air utilisé sort de l'autre extrémité. Grâce à des sacs aériens spéciaux, tout au long des passages entre eux, l'air circule toujours dans une direction à travers le poumon aviaire. De cette manière, les oiseaux peuvent sans cesse prendre de l'air. Cela satisfait les grands besoins en énergie des oiseaux. Ce système respiratoire hautement spécialisé est expliqué par Michael Denton dans son livre Evolution : une théorie en crise :

Dans le cas des oiseaux, cependant, les bronches principales se scindent en minuscules tubes qui s'infiltrent dans le tissu pulmonaire. Ces parabronches finissent par se réunir à nouveau : elles forment ainsi un véritable système circulatoire de telle sorte que l'air circule dans une seule direction à travers les poumons.

Les parabronches permettent à l'air de circuler vers la bonne direction dans les poumons des oiseaux. Elles ont chacune une taille de 0,5 mm de diamètre.

La structure du poumon des oiseaux et le mode de fonctionnement général de leur système respiratoire sont absolument uniques. D'une part, aucun poumon d'une autre espèce de vertébrés ne ressemble, en quelque manière que ce soit, au système aviaire. D'autre part, celui-ci est identique dans tous ses détails essentiels chez des oiseaux aussi divers que l'oiseau-mouche, l'autruche et le faucon.83

Ce qui est important c'est que le poumon du reptile, avec son courant d'air bidirectionnel, ne peut pas avoir évolué en poumon d'oiseau à courant unidirectionnel, car il n'est pas possible qu'il y ait un modèle intermédiaire entre eux. Pour qu'une créature vive, il faut qu'elle soit maintenue en respiration et une inversion de la structure de ses poumons avec un changement de conception aboutirait inévitablement à sa mort. Selon l'évolution, ce changement doit avoir lieu progressivement sur des millions d'années, alors qu'une créature dont les poumons ne fonctionnent pas meurt en l'espace de quelques minutes.

Michael Denton affirme qu'il est impossible de proposer une thèse évolutionniste du poumon aviaire :

Comment un système respiratoire aussi profondément différent a-t-il pu évoluer graduellement à partir du modèle standard des vertébrés ? La question soulève une formidable difficulté, surtout si l'on garde à l'esprit le fait que l'entretien de la fonction respiratoire est absolument vital à l'organisme, le moindre dysfonctionnement entraînant la mort en quelques minutes. Tout comme la plume ne peut fonctionner comme organe de vol que si les crochets et les barbules sont coadaptés de manière à s'ajuster parfaitement, le poumon aviaire ne peut fonctionner comme organe respiratoire que si le système des parabronches qui le traversent et le système des sacs aériens qui assurent la circulation de l'air sont chacun entièrement achevés et capables de fonctionner de manière parfaitement intégrée.84

Bref, le passage d'un poumon terrestre à un poumon aviaire est impossible, car une forme intermédiaire ne servirait à rien.

Un autre point qui mérite d'être signalé est que les reptiles ont un système respiratoire à diaphragme, alors que les oiseaux ont un système de sac aérien abdominal au lieu d'un diaphragme. Ces structures différentes rendent impossibles une quelconque évolution entre les deux types de poumons comme l'observe John Ruben, un expert reconnu dans le domaine de la physiologie, dans le passage suivant :

Les toutes premières étapes dans la dérivation du système de sac aérien abdominal aviaire d'un ancêtre pourvu d'un système de ventilation à diaphragme auraient nécessité une sélection pour une hernie diaphragmatique dans les taxons, transitoire entre les théropodes et les oiseaux. Une condition aussi débilitante aurait immédiatement compromis tout le système respiratoire pulmonaire et semble peu probable d'avoir un quelconque avantage sélectif.85

Une autre caractéristique structurelle intéressante du poumon aviaire, qui défie l'évolution, est le fait qu'il n'est jamais vide d'air, et donc jamais en danger d'effondrement. Michael Denton nous l'explique :

Ainsi, la façon dont un tel système respiratoire différent peut avoir progressivement évolué à partir de la conception normale du vertébré, sans une sorte de direction, est de nouveau très difficile à envisager, surtout en ayant à l'esprit que conserver la fonction respiratoire est absolument vitale à la vie d'un organisme. De plus, la fonction et la forme exceptionnelles du poumon aviaire nécessitent un nombre d'adaptations particulières supplémentaires durant le développement aviaire. Comme l'explique H. R. Dunker, l'une des autorités les plus éminentes dans ce domaine : le fait que, premièrement, le poumon aviaire soit solidement fixé à la paroi du corps et qu'il ne puisse donc pas s'accroître en volume et, deuxièmement, en raison du faible diamètre des capillaires pulmonaires et de la haute tension superficielle qui exerce sur tout fluide les remplissant, le poumon aviaire ne peut pas être insufflé à plat, comme cela se passe à la naissance chez tous les autres vertébrés. Les alvéoles ne se vident jamais d'air comme le sont les alvéoles des autres espèces de vertébrés ; bien au contraire, dès le début de leur croissance dans le tissu pulmonaire, les parabronches sont déjà des cylindres ouverts remplis d'air ou d'un liquide.86

En d'autres termes, les passages dans les poumons des oiseaux sont tellement étroits que les sacs aériens à l'intérieur ne peuvent pas se remplir d'air et se vider de nouveau comme les créatures terrestres.

Cependant, si le poumon d'un oiseau devait se dégonfler, l'oiseau ne pourrait jamais le regonfler, ou à tout le moins, il aurait de grandes difficultés à le faire. Pour cette raison, les sacs aériens situés sur tout le poumon permettent un passage constant d'air, protégeant ainsi les poumons du dégonflement.

Bien entendu ce système, qui est complètement différent des poumons des reptiles et autres vertébrés, et qui est basé sur l'équilibre le plus sensible, ne peut pas se produire par des mutations inconscientes, étape après étape, comme le soutiennent les évolutionnistes. Voici comment Denton décrit cette structure du poumon aviaire qui, de nouveau, réduit à néant le darwinisme :

Le poumon aviaire nous rapproche beaucoup de la réponse au défi de Darwin : "Si l'on arrive à démontrer qu'il existe un organe complexe qui n'ait pas pu se former par une série de nombreuses modifications graduelles et légères, ma théorie ne pourrait certes plus se défendre."87