Savoir comment les reptiles, en tant que créatures terrestres, en sont arrivés à voler, a suscité énormément de spéculation parmi les évolutionnistes. Il existe deux principales théories. La première avance que les ancêtres des oiseaux sont descendus des arbres à la terre. Par conséquent ces ancêtres seraient des reptiles vivant sur les cimes des arbres et seraient venus progressivement à posséder des ailes au fur et à mesure qu'ils sautaient d'une branche à une autre. C'est la théorie arboricole. La théorie des coureurs suggère quant à elle que les oiseaux se sont progressivement envolés depuis le sol.

Cependant les deux théories reposent sur des interprétations spéculatives, aucune preuve n'existe pour appuyer l'une ou l'autre. Les évolutionnistes ont inventé une solution facile au problème : ils imaginent simplement que la preuve existe. Le professeur John Ostrom, directeur du département de géologie de Yale, qui a proposé la théorie des coureurs explique cette approche :

Aucune preuve de fossile n'existe pour confirmer un pro-avis quelconque. C'est un pré-oiseau purement hypothétique mais qui doit avoir existé.78

Or cette forme transitoire, qui est supposée "avoir existé" selon la théorie arboricole, n'a jamais été découverte. La théorie des coureurs est même plus problématique. L'hypothèse de base de la théorie est que les pattes avant de certains reptiles se sont progressivement développées en ailes au fur et à mesure que ces reptiles agitaient leurs bras dans tous les sens pour attraper des insectes. Néanmoins aucune explication n'est apportée pour savoir comment l'aile, un organe très complexe, est venue à exister suite à ce battement.

Un énorme problème auquel fait face la théorie de l'évolution est la complexité irréductible des ailes. Seule une structure parfaite permet aux ailes de fonctionner, une aile "à moitié développée" ne peut pas fonctionner. Dans ce contexte, le modèle de "développement progressif" - l'unique mécanisme posé comme postulat par l'évolution - n'a pas de sens. Ainsi Robert Carroll est forcé d'admettre : "Il est difficile d'expliquer l'évolution initiale des plumes en tant qu'éléments dans le système de vol, puisqu'il est difficile de voir comment elles pouvaient fonctionner jusqu'à ce qu'elles atteignent la grande taille constatée chez les archæoptéryx."79 Puis il dit que les plumes pourraient s'être développées pour servir à l'isolation, mais cela n'explique pas leur conception complexe qui est spécifique au vol.

Il est indispensable que les ailes soient fermement rattachées à la poitrine, qu'elles aient une structure à même de soulever l'oiseau et lui permettre de se mouvoir dans toutes les directions pour qu'il puisse également rester dans l'air. Il est indispensable que les ailes et les plumes aient une structure légère, flexible et bien proportionnée. A ce point, l'évolution est dans l'embarras. Elle ne dit pas comment cette anatomie sans défaut des ailes a pu naître comme résultat de mutations aléatoires cumulées. De même, elle n'explique pas comment la patte avant d'un reptile a pu se transformer en une aile parfaite en raison d'un défaut (mutation) dans les gènes.

Une aile à moitié formée ne peut pas voler. Par conséquent, même si nous supposons que la mutation a conduit à un léger changement de la patte avant, il est toujours totalement déraisonnable de supposer que d'autres mutations aient pu contribuer par accident au développement d'une aile complète. La mutation des pattes avant ne produira pas une nouvelle aile, au contraire elle fera tout simplement perdre à l'animal ses pattes avant. Cela le désavantagera face aux autres membres de sa propre espèce. Selon les règles de la théorie de l'évolution, la sélection naturelle éliminerait aussitôt cette créature défectueuse.

Selon la recherche biologique, les mutations sont des changements qui ont lieu très rarement. Par conséquent, il est impossible qu'un animal handicapé attende des millions d'années pour que ses ailes soient complètement développées par de légères mutations, surtout lorsque ces mutations ont des effets préjudiciables avec le temps.