La grande similarité entre les structures squelettiques et crâniennes des australopithèques et des chimpanzés, et la réfutation de la thèse que ces créatures marchaient en se tenant droit, ont causé de grandes difficultés aux paléontologues évolutionnistes. La raison est que, selon le schéma imaginaire évolutionniste, l'Homo erectus vient après l'australopithèque. Comme le laisse entendre le nom du genre Homo (signifiant "homme") Homo erectus est une espèce humaine et son squelette est droit. Sa capacité crânienne est deux fois plus grande que celle de l'australopithèque. Une transition directe de l'australopithèque, qui est un singe ressemblant au chimpanzé, à l'Homo erectus, dont le squelette ne diffère pas de celui de l'homme de nos jours, est hors de question même selon la théorie évolutionniste. Par conséquent "des liens" - c'est-à-dire des formes de transition - sont nécessaires. Le concept d'Homo habilis est né de cette nécessité.

La classification de l'Homo habilis a été proposée dans les années 60 par les Leakey, une famille de "chasseurs de fossiles". Selon les Leakey, cette nouvelle espèce classée Homo habilis avait une capacité crânienne relativement grande, la capacité de marcher en se tenant droit et d'utiliser des outils en pierre et en bois. Par conséquent, il aurait été l'ancêtre de l'homme.

De nouveaux fossiles de la même espèce, exhumés à la fin des années 80, allaient changer ce point de vue. Des chercheurs, comme Bernard Wood et C. Loring Brace, qui se sont appuyés sur ces fossiles nouvellement découverts, ont indiqué que l'Homo habilis (qui veut dire "homme habile" c'est-à-dire homme capable d'utiliser des outils), doit être classé en tant qu'Australopithecus habilis, ou "singe du sud habile", parce que l'Homo habilis avait beaucoup de caractéristiques en commun avec les singes australopithèques. Il avait de longs bras, des pattes courtes, et une structure squelettique ressemblant à celle du singe tout comme l'australopithèque. Ses doigts et ses orteils étaient faits pour grimper. Sa mâchoire était très semblable à celle des singes d'aujourd'hui. Sa capacité crânienne moyenne de 600 cm3 indique également qu'il était un singe. Bref, l'Homo habilis, présenté comme une espèce différente par certains évolutionnistes, était en réalité une espèce de singes exactement comme tous les autres australopithèques.
La recherche effectuée depuis le travail de Wood et Brace a démontré que l'Homo habilis n'était, en effet, pas différent de l'australopithèque. Le fossile de crâne et de squelette OH62 trouvé par Tim White a montré que cette espèce avait une petite capacité crânienne ainsi que de longs bras et de courtes pattes, ce qui lui permettait de grimper tout comme les singes actuels.

Les analyses détaillées, faites par l'anthropologue américaine Holly Smith en 1994, ont montré que l'Homo habilis n'était pas du tout Homo, en d'autres termes humain, mais très clairement un singe. Parlant des analyses qu'elle a faites sur les dents des australopithèques, Homo habilis, Homo erectus et Homo neanderthalensis, Smith a déclaré :

En limitant l'analyse des fossiles à des spécimens qui satisfont ces critères, des modèles de développement dentaire d'Australopithecus graciles et d'Homo habilis restent classés avec les singes africains. Ceux de l'Homo erectus et du néandertalien sont classés avec les humains.153

Dans la même année, Fred Spoor, Bernard Wood et Frans Zonneveld, tous spécialistes en anatomie, sont arrivés à une conclusion similaire au moyen d'une méthode totalement différente. Cette méthode était basée sur l'analyse comparative des canaux semi-circulaires dans l'oreille interne des humains et des singes, qui leur permettent de maintenir leur équilibre. Spoor, Wood et Zonneveld ont conclu que :

Parmi les fossiles hominidés, la première espèce à montrer une morphologie de l'homme contemporain est l'Homo erectus. A l'opposé, les dimensions du canal semi-circulaire de boîtes crâniennes provenant d'Afrique du Sud, attribuées aux australopithèques et aux Paranthropus, ressemblent à celles des grands singes encore existants.154

Spoor, Wood et Zonneveld ont également étudié un spécimen Homo habilis, le Stw 53, et ont découvert qu'il "était moins enclin au comportement bipède que les Australopithecines". Cela voulait dire que le spécimen Homo habilis était plus proche du singe que l'espèce australopithèque. Ainsi, ils ont conclu que le "Stw 53 représentait un intermédiaire peu probable entre les morphologies vues chez les Australopithecines et l'Homo erectus".155

Cette découverte a conduit à deux résultats  importants :

1. Les fossiles désignés en tant que Homo habilis n'appartenaient pas réellement au genre Homo, c'est-à-dire aux humains, mais à celui des australopithèques, c'est-à-dire aux singes.

2. L'Homo habilis comme l'australopithèque étaient des créatures à dos courbé, c'est-à-dire qu'elles avaient le squelette d'un singe. Elles n'ont aucune relation avec l'homme.

La thèse que l'australopithèque et Homo habilis marchaient de façon verticale a été réfutée par des analyses de l'oreille interne réalisées par Fred Spoor. Avec son équipe, il a comparé les centres de l'équilibre dans les oreilles internes et a démontré que les deux espèces se déplaçaient de la même façon que les singes actuels.