Les difficultés que la théorie de l'évolution est incapable de surmonter, concernant le développement d'une seule protéine, ne sont pas limitées à celles que nous avons indiquées jusque-là. Il n'est pas suffisant aux aminoacides d'être disposés en nombres, successions et structures à trois dimensions requises. La formation d'une protéine requiert également que les molécules des aminoacides dotés de plus d'un bras soient reliées les unes aux autres d'une façon particulière. Une telle liaison est dite "liaison peptide". Les aminoacides peuvent constituer différentes liaisons les uns avec les autres, mais les protéines sont faites de - et seulement de - ces aminoacides qui sont unis par des liaisons peptides.

Une comparaison rendra plus clair ce point. Supposons que toutes les parties d'une voiture ont été complètement et correctement assemblées, à la seule exception qu'une des roues a été mise en place et serrée non pas avec les boulons et les écrous habituels, mais avec un morceau de fil de fer, de sorte que son moyeu fait face au sol. Il serait impossible à une telle voiture de se déplacer même sur la plus courte distance, peu importe la complexité de sa technologie ou la puissance de son moteur. Au premier regard, tout semblerait être au bon endroit, mais la fixation défectueuse même d'une seule roue rendrait toute la voiture inutile. Il en est de même dans une molécule de protéine, même l'union d'un seul aminoacide à un autre par une liaison autre qu'une liaison peptide rendrait toute la molécule inutile.

La recherche a montré que les aminoacides se combinant au hasard ne se combinent par une liaison peptide que dans 50 % des cas, le reste du temps des liaisons différentes qui ne sont pas présentes dans les protéines émergent. Pour fonctionner convenablement, chaque aminoacide formant une protéine ne doit être lié aux autres que par une liaison peptide, tout comme il ne doit être choisi que parmi les formes lévogyres.

La probabilité que cela se produise est équivalente à celle que chaque protéine soit lévogyre. C'est-à-dire que lorsque nous considérons une protéine faite de 400 aminoacides, la probabilité de combinaison de tous les aminoacides par seulement des liaisons peptides est de 1 sur 2399.