Comme montré depuis le début, le plus grand problème pour la théorie de l'évolution par la sélection naturelle est que de nouveaux organes ou caractères ne peuvent pas apparaître chez les êtres vivants par la sélection naturelle. De même, les données génétiques d'une espèce n'évoluent pas selon ce mécanisme, de ce fait, la sélection naturelle ne peut servir à expliquer l'émergence de nouvelles espèces. Le plus grand partisan de la théorie de l'équilibre ponctué, Stephen Jay Gould, fait référence à cette impasse en reconnaissant :

L'essence du darwinisme ne repose que sur cette seule phrase, "la sélection naturelle est la force créatrice du changement évolutionnaire". Personne ne nie que la sélection jouera un rôle négatif en éliminant les moins aptes. Les théories darwiniennes nécessitent qu'elle crée aussi les plus aptes.17

L'une des autres méthodes trompeuses des évolutionnistes est leur effort à faire croire que le mécanisme de la sélection naturelle est un concepteur intelligent. Cependant, la sélection naturelle n'a pas d'intelligence. Elle n'a pas la possibilité de décider ce qui est bon ou mauvais pour les êtres vivants. Par conséquent, elle ne peut expliquer comment ont pu exister les systèmes biologiques et les organes dotés de la caractéristique de "complexité irréductible". Ces systèmes et organes sont composés d'un grand nombre de parties qui coopèrent et ne sont d'aucune utilité si la moindre partie manque ou est défectueuse (l'oil humain, à titre d'exemple, ne peut fonctionner que si tout ce qui le constitue est intact).

Ainsi, la volonté qui rassemble ces parties doit être capable de prévoir le futur et le bénéfice à en tirer au final. Mais comme la sélection naturelle n'a pas de conscience ou de volonté, elle ne peut le faire. Tout ceci démolit les fondements de la théorie de l'évolution et inquiétait déjà Darwin, qui écrivait : " Si l'on arrive à démontrer qu'il existe un organe complexe qui n'ait pas pu se former par une série de nombreuses modifications graduelles et légères, ma théorie ne pourrait certes plus se défendre."18