Dans son livre La boîte noire de Darwin, Michael J. Behe souligne que la structure de la cellule vivante et tous les autres systèmes biochimiques étaient des "boîtes noires" inconnues de Darwin et de ses contemporains. Darwin supposait que ces boîtes noires avaient des structures très simples et avaient pu apparaître par hasard. Mais, la biochimie moderne a ouvert ces boîtes noires et révélé la structure complexe irréductible de la vie. Behe déclare que les commentaires de Darwin sur l'apparition de l'oil semblaient convaincants en raison du niveau primitif de la science du 19ème siècle :

Darwin a persuadé une grande partie du monde qu'un oil moderne s'est progressivement développé d'une structure plus simple, mais il n'a même pas essayé d'expliquer d'où il tenait son hypothèse de départ - la simple tâche sensible à la lumière. Bien au contraire, Darwin a écarté la question de l'origine fondamentale de l'oil. Il avait une excellente raison d'omettre la question, c'était bien au-delà des possibilités de la science du 19ème siècle. Comment l'oil fonctionne, c'est-à-dire ce qu'il se passe lorsqu'un photon de lumière touche la rétine, ne pouvait tout simplement pas trouver de réponse à cette époque.317

Comment donc ce système, que Darwin a présenté comme une structure simple, fonctionne-t-il en réalité ? Comment les cellules de la couche rétinale de l'oil perçoivent-elles les rayons de lumière qui les touchent ?

La réponse à cette question est assez compliquée. Lorsque les photons touchent les cellules de la rétine, ils déclenchent une réaction en chaîne comme un effet domino. La première de ces pièces du domino est la molécule appelée "11-cis-rétinal" qui est sensible aux photons. Lorsque cette molécule est touchée par un photon, elle change de forme, ce qui modifie la forme d'une protéine appelée "rhodopsine" à laquelle elle est étroitement liée. La rhodopsine prend alors une forme qui lui permet de s'attacher à une autre protéine résidente de la cellule du nom de "transducine".

Avant sa réaction avec la rhodopsine, la transducine est attachée à une autre molécule appelée GDP. Lorsqu'elle se lie à la rhodopsine, la transducine libère la molécule GDP et se lie à une nouvelle molécule appelée GTP. C'est pourquoi le nouveau complexe composé de deux protéines (la rhodopsine et la transducine) et d'une plus petite molécule (GTP) s'appelle la "GTP transducine-rhodopsine".

Mais le processus ne vient que de commencer. Le nouveau complexe GTP transducine-rhodopsine peut maintenant très rapidement se lier à une autre protéine résidante de la cellule appelée "phosphodiestérase". Cela permet à la protéine phosphodiestérase cependant de couper une autre molécule résidante de la cellule, appelée cGMP. Comme ce processus se produit dans un environnement de millions de protéines de la cellule, la concentration en cGMP diminue soudainement.

Comment cela peut-il aider à voir ? Le dernier élément de cette réaction en chaîne apporte la réponse. La diminution de la quantité de cGMP affecte les canaux des ions de la cellule. Le canal d'ion est une structure constituée de protéines qui régulent le nombre d'ions de sodium dans la cellule. Dans des conditions normales, le canal d'ion permet aux ions de sodium de s'écouler dans la cellule pendant qu'une autre molécule élimine l'excédent en ions pour maintenir un équilibre. Lorsque le nombre de molécules cGMP diminue, il en est de même du nombre d'ions de sodium. Cela entraîne un déséquilibre de la charge de part et d'autre de la membrane, ce qui stimule les cellules nerveuses liées à ces cellules et produit ce que nous appelons une "impulsion électrique". Les nerfs transmettent les impulsions au cerveau et "l'acte de voir" se produit à ce moment.318

En résumé, un seul photon touche une seule cellule et par une série de réactions en chaîne la cellule produit une impulsion électrique. Ce stimulus est modulé par l'énergie du photon, c'est-à-dire l'intensité de la lumière. Un autre fait fascinant est que tous les processus dont il est question se produisent en moins d'un millième de seconde. Aussitôt que cette réaction en chaîne s'achève, d'autres protéines spécialisées dans les cellules transforment des éléments comme le 11-cis-rétinal, la rhodopsine et la transducine pour les ramener à leur état originel. L'oil est constamment bombardé par les photons et les réactions en chaîne des cellules sensibles de l'oil lui permettent de tous les capter.

Le processus de la vue est en réalité bien plus compliqué que ne l'indiquerait cet aperçu. Cependant, même cette présentation générale est suffisante pour montrer la nature extraordinaire du système. Il existe un système complexe si merveilleusement conçu à l'intérieur de l'oil qu'il est absurde de prétendre qu'il soit le produit du hasard. Le système possède une structure complexe complètement irréductible. Si l'un seul des éléments des molécules, qui participent aux réactions en chaîne les uns avec les autres, manquait ou ne possédait pas de structure appropriée, le système alors ne fonctionnerait pas du tout.

Il est clair que ce système assène un sérieux coup à l'explication darwinienne de la vie par "le hasard". Michael Behe fait ce commentaire à propos de la chimie de l'oil et la théorie de l'évolution :

Maintenant que la boîte noire de la vue a été ouverte, une explication évolutionnaire de ce pouvoir est insuffisante en ne tenant compte que des structures anatomiques de l'ensemble des yeux, comme Darwin l'a fait au 19ème siècle (et comme les vulgarisateurs de la théorie de l'évolution continuent à le faire aujourd'hui). Chacune des étapes et des structures anatomiques que Darwin pensait si simples nécessite en réalité de stupéfiants processus biochimiques compliqués qui ne peuvent être déguisés par de la rhétorique.319

La structure complexe irréductible de l'oil réfute non seulement de façon définitive la théorie darwinienne, mais elle montre également que la vie a été créée par Dieu le Tout-Puissant, Détenteur de toute sagesse.