Celui qui a été déterminant dans l'inscription du concept de la complexité irréductible comme priorité dans le débat scientifique est le biochimiste Michael J. Behe de l'Université Lehigh aux Etats-Unis. Dans son livre La boîte noire de Darwin : le défi biochimique à la théorie de l'évolution, publiée en 1996, Behe examine la structure complexe irréductible de la cellule et un certain nombre d'autres structures biochimiques, et montre qu'il est impossible de les expliquer par l'évolution. Selon Behe, l'explication réelle de la vie est la création.

Le livre de Behe était un sérieux coup porté au darwinisme. Peter Van Inwagen, le professeur de philosophie à l'Université de Notre Dame, en souligne l'importance par ces propos :

Si les darwiniens réagissent à ce livre important en l'ignorant, en le dénaturant ou en le ridiculisant, ce serait la preuve qui confirmerait le soupçon largement répandu que le darwinisme fonctionne aujourd'hui plus comme une idéologie que comme une théorie scientifique. S'ils réussissent à répondre avec bonheur aux arguments de Behe, ce serait une preuve importante de la validité du darwinisme.313

Un des exemples intéressants de la complexité irréductible que Behe donne dans son livre est le flagellum bactérien. C'est un organe qui ressemble au fouet employé par certaines bactéries pour se déplacer dans un environnement liquide. Cet organite est incorporé dans la membrane cellulaire et permet à la bactérie de se déplacer dans une direction choisie à une vitesse particulière.

Les scientifiques connaissent le flagellum depuis un certain temps. Cependant, les détails de sa structure, qui ne sont apparus que depuis environ une décennie, les ont grandement surpris. Il a été découvert que le flagellum se déplaçait au moyen d'un "moteur organique" très compliqué, et pas par un simple mécanisme vibratoire comme on le croyait précédemment. Ce moteur rotatif, semblable à une hélice, est construit selon les mêmes principes de la mécanique qu'un moteur électrique. Il comprend deux parties principales : une partie mobile (le "rotor") et une partie statique (le "stator").

Un moteur électrique, mais pas dans un appareil ménager ou dans un véhicule. Celui-ci est dans une bactérie. Grâce à ce moteur, les bactéries sont capables de déplacer les organites appelés "flagellum" et ainsi nager dans l'eau. Cela a été découvert dans les années 1970 et a surpris le monde de la science, parce que cet organite de "complexité irreductible", composé de 240 protéines différentes environ, ne saurait être expliqué par le jeu du hasard comme Darwin l'avait suggéré.

Le flagellum bactérien diffère de tous les autres systèmes organiques qui produisent le mouvement mécanique. La cellule n'utilise pas l'énergie disponible stockée comme les molécules adénosine triphosphate, ou ATP. Au lieu de cela, il a une source d'énergie particulière : les bactéries utilisent l'énergie du flux d'ions à travers leurs membranes cellulaires externes. La structure intérieure du moteur est extrêmement complexe. Approximativement 240 protéines distinctes s'associent dans la construction du flagellum. Chacune d'entre elles est positionnée avec précision. Les scientifiques ont déterminé que ces protéines portent les signaux qui enclenchent le moteur et l'éteignent, forment les articulations pour faciliter les mouvements à l'échelle atomique et activent d'autres protéines qui relient le flagellum à la membrane cellulaire. Les modèles construits pour résumer le fonctionnement du système sont suffisamment éloquents pour donner une idée de la nature compliquée du système.

La structure compliquée du flagellum bactérien suffit par elle-même à démolir la théorie de l'évolution, sachant que le flagellum a une structure complexe irréductible. Si une seule molécule dans cette fabuleuse structure complexe devait disparaître, ou être défectueuse, le flagellum ne fonctionnerait pas et ne serait d'aucune utilité à la bactérie. Le flagellum devait donc être parfaitement opérationnel dès son apparition. Ce qui montre à nouveau le non-sens de l'affirmation de la théorie de l'évolution à propos du "développement par étape". En réalité, aucun biologiste évolutionniste n'a jusqu'à maintenant réussi à expliquer l'origine du flagellum bactérien bien que quelques-uns s'y soient essayés.

Le flagellum bactérien est la preuve évidente que même les créatures considérées "primitives" sont dotées des caractéristiques extraordinaires. Plus l'humanité en apprend, plus il devient apparent que les organismes considérés comme simples par les scientifiques du 19ème siècle, dont Darwin, sont en fait aussi complexes que tous les autres.