Un des concepts les plus importants qu'il faut employer pour interroger la théorie darwinienne à la lumière des découvertes scientifiques est sans doute le critère que Darwin lui-même a employé. Dans L'origine des espèces, Darwin avance quelques critères concrets suggérant comment sa théorie pourrait être évaluée et, si cela s'impose, réfutée. Plusieurs passages dans son livre commencent par "si ma théorie est fondée" dans lesquels Darwin explique les découvertes nécessaires à sa théorie. Un des plus importants critères concerne les fossiles et les "formes transitionnelles". Dans les chapitres précédents, nous avons examiné comment les "prophéties" de Darwin ne se sont pas réalisées et comment, au contraire, les archives fossiles contredisent complètement le darwinisme.

En outre, Darwin nous a donné un autre critère très important pour évaluer sa théorie. Ce critère est si important, écrit Darwin, qu'il pourrait être à l'origine de l'effondrement total de sa théorie :

Si l'on arrive à démontrer qu'il existe un organe complexe qui n'ait pas pu se former par une série de nombreuses modifications graduelles et légères, ma théorie ne pourrait certes plus se défendre.312

Nous devons donc examiner très soigneusement l'intention de Darwin. Comme nous savons, le darwinisme explique l'origine de vie par deux mécanismes naturels inconscients : la sélection naturelle et les modifications aléatoires (autrement dit les mutations). Selon la théorie darwinienne, ces deux mécanismes sont à l'origine de l'émergence de la structure complexe des cellules vivantes ainsi que des systèmes anatomiques des êtres vivants complexes, comme les yeux, les oreilles, les ailes, les poumons, le sonar des chauve-souris et des millions d'autres systèmes complexes.

Cependant, comment se fait-il que ces systèmes, qui possèdent des structures incroyablement compliquées, puissent être considérés comme le résultat de deux réactions naturelles inconscientes ? A ce stade, le concept que le darwinisme emploie est celui de la "réductibilité". Il est prétendu que ces systèmes peuvent être réduits à un état très élémentaire et qu'ils auraient pu s'être développés par étapes. Chaque étape apporterait à un être vivant un peu plus d'avantage et serait donc choisie à travers la sélection naturelle. Par la suite, une autre petite évolution aléatoire interviendrait, qui serait également choisie parce qu'elle offre un avantage, et le processus se poursuivrait de cette manière. Selon la thèse darwinienne, grâce à cela, une espèce qui à l'origine n'avait pas d'oil en possèdera de parfaits spécimens et une autre espèce, qui était auparavant incapable de voler, aura des ailes qui pousseront et sera ainsi capable de voler.

Ce récit est expliqué de façon très convaincante et de manière rationnelle dans les sources évolutionnistes. Mais en y réfléchissant, une erreur importante apparaît. Le premier aspect de cette erreur est une question que nous avons déjà abordée dans les pages précédentes de ce livre : les mutations sont destructives, non constructives. Autrement dit, les mutations fortuites qui interviennent chez les créatures vivantes ne leur octroient aucun "avantage" et, par ailleurs, l'idée qu'elles pourraient le faire des milliers de fois, les unes après les autres, est une illusion qui contredit toutes les observations scientifiques.

Mais il y a aussi un autre aspect très important à l'erreur. Il est nécessaire pour la théorie darwinienne que toutes les étapes, d'un point à un autre, soient chacune "avantageuses". Dans un processus évolutionnaire qui va de A à Z (par exemple, passer d'une créature sans ailes à une créature ailée), toutes les étapes "intermédiaires" B, C, D, .V, W, X et Y doivent apporter, tout le long, des avantages à l'être vivant en question. Comme il n'est pas possible à la sélection naturelle et aux mutations de choisir consciemment leurs cibles par avance, toute la théorie repose sur l'hypothèse que des systèmes vivants peuvent être réduits à des caractères discrets qui peuvent être rajoutés à l'organisme par petites étapes, chacune apportant quelque avantage sélectif. Voilà pourquoi Darwin a dit, "Si l'on arrive à démontrer qu'il existe un organe complexe qui n'ait pas pu se former par une série de nombreuses modifications graduelles et légères, ma théorie ne pourrait certes plus se défendre."

Etant donné le niveau modeste de la science au 19ème siècle, Darwin a dû penser que les êtres vivants avaient une structure réductible. Mais les découvertes du 20ème siècle ont montré que beaucoup de systèmes et d'organes des êtres vivants ne peuvent être réduits à leur plus simple expression. Ce fait, connu pour être la "complexité irréductible", détruit irrémédiablement le darwinisme comme le craignait Darwin en personne.