Nous avons déjà examiné la thèse morphologique de l'homologie - en d'autres termes l'invalidité de l'affirmation évolutionniste basée sur des similarités de forme chez les êtres vivants - mais il sera utile d'examiner de plus près un exemple bien connu de ce sujet. C'est le cas des "membres antérieurs et postérieurs des quadrupèdes" présenté comme une preuve claire d'homologie dans presque tous les livres sur l'évolution.

Les tétrapodes, c'est-à-dire les vertébrés terrestres, ont quatre pattes, cinq doigts à leurs membres antérieurs et postérieurs. Bien que ceux-ci ne ressemblent pas toujours à des doigts ou à des orteils, ils sont considérés comme des "pentadactyles" (à cinq doigts) en raison de leur structure osseuse. Les pattes avant et arrière d'une grenouille, d'un lézard, d'un écureuil ou d'un singe ont toutes cette même structure. Même les structures osseuses des oiseaux et des chauves-souris sont conformes à cette conception de base.

Les évolutionnistes prétendent que tous les êtres vivants descendent d'un ancêtre commun, et ils ont pendant longtemps avancé comme preuve le membre à cinq doigts. Mais ils savent que cette prétention n'a en réalité aucune validité scientifique.

Même aujourd'hui, les évolutionnistes acceptent la caractéristique du modèle pentadactyle chez les êtres vivants parmi lesquels ils n'ont pu établir aucun lien évolutionnaire. Par exemple, dans deux articles scientifiques différents publiés en 1991 et 1996, le biologiste évolutionniste M. Coates révèle que le modèle pentadactyle a émergé deux fois séparément et indépendamment l'un de l'autre. Selon Coates, la structure pentadactyle a vu le jour de façon indépendante chez les anthracosaures et les amphibiens. 253

Cette découverte est le signe que le modèle pentadactyle n'est pas la preuve d'un "ancêtre commun".

Un autre problème, qui crée des difficultés à la thèse évolutionniste à ce sujet, est que ces créatures ont cinq doigts aussi bien à leurs membres antérieurs que postérieurs. Il n'est pas proposé dans les écrits évolutionnistes que les membres antérieurs et postérieurs descendent d'un "membre commun" ; il est plutôt supposé qu'ils se sont développés séparément. Pour cette raison, on devrait s'attendre à ce que la structure des membres antérieurs et postérieurs soit différente comme résultat des différentes mutations fortuites. Michael Denton fait ce commentaire sur ce sujet :

Le modèle pentadactyle commun aux membres antérieurs et postérieurs des vertébrés en est un exemple classique. On a vu que les membres antérieurs de tous les vertébrés terrestres sont construits sur le même modèle pentadactyle, ce qui est attribué par les biologistes évolutionnistes au fait qu'ils dérivent d'une source ancestrale commune. Mais les membres postérieurs de tous les vertébrés terrestres se conforment aussi au modèle pentadactyle, ils sont étonnamment semblables aux membres antérieurs dans la structure de leur os et dans le détail de leur développement embryologique. Pourtant aucun évolutionniste n'affirme que les membres postérieurs ont évolué à partir des membres antérieurs, ou que les uns et les autres ont évolué à partir d'une source commune.

Invariablement, avec le progrès des connaissances biologiques, l'importance des explications généalogiques courantes de la similitude n'a cessé de décroître.

Comme tant d'autres "preuves" indirectes de l'évolution, celle tirée de l'homologie n'est pas convaincante : trop d'anomalies et trop de contre-exemples l'entachent, trop de phénomènes refusent de s'intégrer harmonieusement dans le tableau orthodoxe. 254

Mais le coup réel porté à la thèse évolutionniste de l'homologie du modèle pentadactyle provient de la biologie moléculaire. Cette hypothèse qui a été longuement entretenue dans les publications évolutionnistes a été inversée lorsqu'il a été réalisé que les structures des membres étaient contrôlées par des gènes totalement différents chez des créatures possédant cette structure pentadactyle. Le biologiste évolutionniste William Fix décrit ainsi l'effondrement de la thèse évolutionniste concernant le modèle pentadactyle :

Les anciens manuels sur l'évolution font grand cas de l'idée de l'homologie, faisant remarquer les ressemblances évidentes entre les squelettes des membres de différents animaux. Ainsi le modèle du membre "pentadactyle" [à cinq os] est retrouvé dans le bras d'un homme, l'aile d'un oiseau et la nageoire d'une baleine, et cela est considéré comme indiquant leur origine commune. Maintenant si ces diverses structures étaient transmises par les mêmes couples de gènes, diversifiées de temps à autre par les mutations et par le fait de la sélection naturelle, la théorie aurait un sens. Malheureusement ce n'est pas le cas. Nous savons à présent que les organes homologues sont produits par des groupes de gènes totalement différents chez les différentes espèces. Le concept de l'homologie en termes de gènes similaires hérités d'un ancêtre commun ne tient pas debout.255

En examinant la question de près, William Fix dit que les affirmations concernant l'homologie du "pentadactylisme" sont apparues dans les anciens manuels, mais elles ont été abandonnées dès que la preuve moléculaire s'est imposée. Cependant, des sources évolutionnistes continuent toujours à l'avancer comme l'une des preuves principales de l'évolution.