La découverte qui a réellement réduit à néant l'homologie, c'est que les organes dits "homologues" sont presque tous contrôlés par des codes génétiques très différents. Comme nous le savons, la théorie de l'évolution suppose que les êtres vivants se sont développés par de petits changements aléatoires dans leurs gènes, en d'autres termes par des mutations. Pour cette raison, les structures génétiques des êtres vivants, qui sont considérés comme de proches parents évolutionnaires, devraient se ressembler. Et, en particulier, les organes similaires devraient être contrôlés par des structures génétiques similaires. Cependant, les chercheurs en génétique ont fait des découvertes qui contredisent totalement la thèse évolutionnaire.

Les organes similaires sont généralement contrôlés par des codes génétiques très différents (ADN). En outre, les codes génétiques similaires dans l'ADN de différentes créatures sont souvent associés à des organes complètement différents. Le chapitre intitulé "La défaillance de l'homologie" dans le livre de Michael Denton, Evolution, une théorie en crise, en donne plusieurs exemples et résume le sujet de cette manière :

Les structures homologues sont souvent déterminées par des systèmes génétiques non homologues et il est rare que le concept d'homologie puisse être étendu au plan embryologique. 249

Le fait que la presque totalité des vertébrés terrestres ont une structure osseuse à cinq doigts ou "pentadactyle" à leurs mains et à leurs pattes a pendant des années été présenté comme "la preuve solide du darwinisme" dans les publications des évolutionnistes. Cependant, une récente recherche a révélé que ces structures osseuses sont dirigées par des gènes tout à fait différents. C'est pourquoi l'hypothèse de "l'homologie du modèle pentadactyle" s'est aujourd'hui effondrée.

Cette question génétique a également été soulevée par le célèbre biologiste évolutionniste Gavin de Beer. Dans son livre Homology : An Unsolved Problem (L'homologie : un problème non résolu), publié en 1971, de Beer propose une analyse de grande envergure sur ce sujet. Il résume ainsi pourquoi l'homologie est un problème pour la théorie de l'évolution :

Quel est ce mécanisme qui a pour résultat la production d'organes homologues, les mêmes "modèles", bien qu'ils ne soient pas contrôlés par les mêmes gènes ? J'ai posé cette question en 1938 et on n'y a pas encore répondu.250

Après 30 années, les propos de de Beer n'ont toujours pas reçu de réponse.

Une troisième preuve qui ébranle la thèse de l'homologie est la question du développement embryologique, que nous avons mentionnée au début. Pour que la thèse évolutionnaire concernant l'homologie soit prise au sérieux, les périodes de développement embryologique de structures similaires - en d'autres termes, les phases de développement dans l'ouf ou l'utérus de la mère - doivent être parallèles, alors qu'en réalité ces périodes embryologiques pour des structures similaires sont tout à fait différentes les unes des autres chez chaque créature vivante. Pere Alberch, un éminent biologiste du développement note que "c'est la règle plutôt que l'exception" que "les structures homologues se forment à partir d'états initiaux distinctement dissemblables".251

L'émergence de structures similaires à la suite de processus totalement dissemblables est fréquemment observée dans les dernières étapes de la phase de développement. Comme nous le savons, beaucoup d'espèces d'animaux traversent une étape connue comme un "développement indirect" (en d'autres termes le stade larvaire) au cours de leur développement vers l'état adulte. Par exemple, la plupart des grenouilles entament leur vie en tant que têtards et se transforment ensuite en animaux à quatre pattes à la dernière phase de la métamorphose. Mais à côté de cela, il existe plusieurs espèces de grenouilles qui sautent le stade larvaire et se développent directement. Et les adultes de la plupart de ces espèces qui se développent directement sont pratiquement impossibles à distinguer des espèces qui traversent le stade de têtards. Le même phénomène est constaté chez les châtaignes d'eau et certaines autres espèces similaires.252

Pour conclure, nous pouvons dire que la recherche génétique et embryologique a prouvé que le concept de l'homologie défini par Darwin comme "preuve de l'évolution des êtres vivants d'un ancêtre commun" ne peut en aucun cas être considéré comme une preuve. L'incohérence de l'homologie, qui a l'air tout à fait convaincante en surface, est clairement apparente dès que l'on approfondit l'examen.