Le second concept sur lequel insistent les défenseurs de l'évolution ponctuée est celui de "populations étroites". Ils affirment qu'une nouvelle espèce se forme seulement chez les communautés avec un nombre très restreint de membres (animaux ou végétaux). D'après cette hypothèse, les grandes populations d'animaux ne présentent aucun développement évolutionnaire et peuvent maintenir leur stagnation. Or, si de petits groupes quittent ces populations, ils s'isolent (généralement on suppose que c'est pour des raisons géographiques) et peuvent se reproduire uniquement entre eux. Les macromutations affecteraient alors ces petits groupes parce que justement ils ne reproduisent qu'entre eux, et c'est ainsi qu'une spéciation rapide a lieu.

Pourquoi les défenseurs de l'évolution ponctuée insistent-ils sur le concept de populations étroites ? La réponse est évidente : leur objectif est "d'expliquer" le manque de formes intermédiaires dans les archives fossiles. C'est pourquoi ils insistent sur le fait que "les changements liés à l'évolution ont eu lieu chez des populations très étroites et très rapidement, c'est pourquoi des traces insuffisantes ont été laissées dans les archives fossiles."

En réalité, les expériences et les observations scientifiques récentes ont démontré qu'en termes génétiques, les populations étroites sont un désavantage pour l'évolution. Au lieu de se développer de sorte à donner naissance à une espèce robuste, les populations étroites génèrent, en fait, de sérieux défauts génétiques. Cela tient au fait que chez les petites populations, les individus se croisent continuellement, se reproduisant au sein d'un bassin génétique étroit. Aussi, les individus hétérozygotes deviennent-ils de plus en plus "homozygotiques". Leurs gènes défectifs normalement récessifs deviennent dominants et les défauts et les maladies génétiques apparaissent au sein de la population.45

Dans le cadre d'une étude sur la question, des poules furent observées pendant 35 ans. Les observations établirent que les poules restées dans une population étroite devenaient de plus en plus faibles en termes génétiques. La production descendit de 100% à 80% ; les taux de reproduction chutèrent de 93% à 74%. Mais à travers l'intervention consciente de l'homme - avec l'intégration de poules d'autres populations - cette contradiction génétique fut renversée de sorte que la population de base de poules ait recommencé à aller vers la normalité.46

Ces données et d'autres du même genre montrent qu'il n'est nullement prouvé scientifiquement que les populations étroites sont la source de développement évolutionniste, derrière lequel les adhérents de l'évolution ponctuée cherchent refuge. James W. Valentine et Douglas H. Erwin ont souligné l'impossibilité de la formation de nouvelles espèces suite à des mécanismes d'évolution ponctuée :

La rapidité requise des changements implique soit quelques grandes étapes soit de plus petites étapes excessivement rapides. Les grandes étapes équivalent à des saltations et soulèvent le problème de barrières d'adaptation ; les petites étapes peuvent être nombreuses et entraînent les problèmes discutés sous la microévolution. Les périodes de stagnation augmentent la possibilité que la lignée entre dans les archives fossiles, et nous réitérons que nous ne pouvons identifier aucune de ces formes intermédiaires postulées. Finalement, le grand nombre d'espèces qui doit être généré pour former un bassin, à partir duquel la lignée efficace est sélectionnée n'existe nulle part. Nous concluons que la probabilité que la sélection d'espèces soit une solution générale à l'origine de taxons supérieurs n'est pas grande et qu'aucune des théories concourantes du changement évolutionnaire au niveau des espèces, le gradualisme phylétique ou l'équilibre ponctué ne semble applicable à l'origine des plans d'un nouveau corps.47