Dans son état actuel, la théorie ponctuée de l'évolution explique les populations vivantes ne présentant aucun changement sur de très longues périodes comme étant restées dans une sorte d'"équilibre". Selon cette idée, les changements de l'évolution ont lieu sur de toutes petites populations à de très courts intervalles qui interrompent - ou en d'autres termes, "ponctuent" l'équilibre. Puisque la population est si étroite, la sélection naturelle favorise largement les mutations et l'émergence d'une nouvelle espèce est ainsi rendue possible.

Selon cette théorie, une espèce de reptiles, par exemple, peut rester inchangée pendant des millions d'années. Cependant, un petit groupe de reptiles se séparant de son espèce est soumis à une série de mutations intenses inexpliquées. Ces mutations octroient à ces individus certains avantages (alors qu'il n'existe aucun exemple de mutation bénéfique). Ils sont rapidement sélectionnés. Le groupe de reptiles évolue rapidement et peut même se transformer en mammifères. Puisque ce processus entier se produit si rapidement chez un nombre relativement petit de créatures au cours d'une période courte, peu voire aucune trace fossile ne demeure.

Comme le révèle un examen minutieux, cette théorie fut proposée en réponse à la question : "Comment un processus d'évolution peut-il se produire si rapidement qu'il ne laisse aucune trace fossile ?" En réponse, la théorie énonce deux hypothèses fondamentales :

1. Les macromutations - en d'autres termes les mutations à grande échelle causant des changements majeurs dans l'information génétique des êtres vivants - confèrent un avantage et produisent également de nouvelles données génétiques.

2. Les populations animales étroites ont un avantage génétique.

Or, ces deux hypothèses sont en contradiction avec les données scientifiques.