Les successeurs de Darwin firent d'énormes efforts pour détecter dans les archives fossiles des exemples de l'évolution lente et graduelle qu'il prévoyait. Darwin avait justifié leur absence par l'"insuffisance des fossiles archivés". Les fossiles - qui fournissaient en fait déjà une vaste gamme de spécimens à son époque et qui montrent l'existence de toutes les formes de vie complexes depuis l'explosion cambrienne - continuaient à être le sujet de recherche des évolutionnistes espérant découvrir un miracle. Leur objectif était de prouver que Darwin avait raison, de démontrer que les fossiles de son époque étaient réellement insuffisants et de dénicher des exemples de formes intermédiaires, preuves de l'évolution des êtres vivants.

Stephen Jay Gould //////////////////////////////////////////////Niles Eldredge
Or, les fossiles ont constamment produit des résultats différents des attentes de Darwin. Puisque la quasi-totalité de la terre fut passée au crible, les nouveaux fossiles exhumés n'étaient plus "insuffisants". Darwin avait tort lorsqu'il pensait que ses successeurs finiraient par trouver les formes intermédiaires. Au contraire, les faits révélèrent que d'innombrables êtres vivants n'avaient subi aucun processus d'évolution, qu'ils étaient restés identiques pendant des millions d'années, conservant leurs nombreuses caractéristiques complexes. Les archives fossiles s'opposent aux propos de Darwin. Le manque de formes intermédiaires et la stagnation n'appuient en rien la conception d'évolution graduelle.

Une illustration factice
"Les formes intermédiaires" sensées porter les caractéristiques de deux espèces différentes n'ont jamais existé à aucun moment.
Certains évolutionnistes clairvoyants admirent que le modèle d'évolution progressive de Darwin ne tenait pas la route face à la réalité de la stagnation. Ils suggérèrent alors que l'évolution "avait opéré de manière différente". En 1970, Stephen Jay Gould, paléontologue de l'Université d'Harvard et Niles Eldredge du Musée Américain d'histoire naturelle développèrent une théorie alternative, qu'ils publièrent en 1972 sous le nom d'"évolution ponctuée". Leur unique objectif était d'expliquer le phénomène de stagnation.
En fait, cette théorie n'est rien moins qu'une adaptation de la théorie du "monstre prometteur" avancée dans les années trente par le paléontologue européen Otto Schindewolf. Il suggérait que les êtres vivants avaient évolué suite à des mutations soudaines et spectaculaires plutôt que par l'accumulation progressive de petits changements. En citant un exemple hypothétique de sa théorie, Schindewolf supposait que le premier oiseau de l'histoire naquit d'un ouf de reptile, à travers une "mutation brute", en d'autres termes, une énorme mais aléatoire modification dans la structure génétique.34 Selon la même théorie, les mammifères terrestres ont pu se transformer soudain en baleines suite à une altération soudaine et globale.
Ces affirmations violent toutes les lois connues de la génétique, de la biophysique et de la biochimie et ne sont pas plus scientifiques que les contes de fées où le crapaud se transforme en un beau prince. Pourtant, cette théorie du "monstre prometteur" fut adoptée et défendue dans les années 1940 par le généticien Richard Goldschmidt de l'Université de Californie, Berkeley. Mais la théorie était si peu cohérente qu'elle fut vite abandonnée.
L'impulsion qui obligea Gould et Eldredge à reprendre cette théorie est née de l'absence de formes intermédiaires dans les archives fossiles. La stagnation et l'apparition soudaine dans les données fossiles étaient si évidentes que ces deux chercheurs furent forcés de remodeler la théorie du "monstre prometteur" pour expliquer la situation. Le célèbre article de Gould intitulé "Le retour des monstres prometteurs" était une expression de ce revirement forcé.35

Ce fossile de tortue de 120 millions d'années est la preuve que les tortues ne descendent pas d'autres êtres vivants, qu'elles n'ont jamais subi des étapes intermédiaires de transformation et qu'elles présentent la même structure depuis des millions d'années.
Naturellement, Eldredge et Gould ne répétèrent pas la théorie de Schindewolf mot à mot. Afin de lui donner une allure plus scientifique, ils cherchèrent à développer une sorte de mécanisme au "saut évolutionniste soudain" qu'ils proposaient. (La notion intéressante de "équilibre ponctué" qu'ils donnèrent à leur théorie était une expression de cette tentative scientifique.) Leur théorie fut adoptée et étayée par d'autres paléontologues durant les années suivantes. Cependant, cette théorie ponctuée de l'évolution était au moins tout autant affaiblie par les incohérences et l'absence de logique que la théorie originale de l'évolution progressive de Darwin.
Les défenseurs de l'évolution progressive ignoraient la stagnation. Néanmoins la stagnation est constamment manifeste dans les archives fossiles, prouvant ainsi que les êtres vivants sont identiques depuis des millions d'années. La seule différence entre Gould et Eldredge et les autres darwinistes se situe dans le fait que les deux scientifiques avaient compris que la stagnation dans les archives fossiles était un élément incontestable qu'il n'était plus possible de continuer à ignorer. Aussi au lieu d'admettre le fait de la création, ils se sentirent contraints de développer un nouveau concept d'évolution.
Stephen Jay Gould disait à ce sujet :
Mais comment l'imperfection peut-elle expliquer la stagnation (l'équilibre de l'équilibre ponctué) ? L'apparition brusque peut enregistrer une absence d'information, mais la stagnation est une donnée. Eldredge et moi-même étions si frustrés par l'échec de nombreux collègues à saisir ce point évident - bien qu'un quart de siècle de débat subséquent ait fini par faire accepter nos hypothèses (alors que beaucoup d'autres points de l'équilibre ponctué restent controversés) - que nous avons incité à l'incorporation de cette petite phrase comme un mantra ou une devise. Répétez-là dix fois chaque jour avant le petit-déjeuner pendant une semaine et l'argument s'infiltrera par osmose : "la stagnation est une donnée, la stagnation est une donnée. 36
Gould, Eldredge et les autres avocats de l'évolution ponctuée critiquèrent avec virulence les défenseurs de l'évolution graduelle parce qu'ils ne prenaient pas en compte la réalité de la stagnation. Mais en réalité, leur manière d'agir ne variait pas de celle des autres darwinistes. Puisque les archives fossiles ne produisaient pas les résultats escomptés, ils changèrent la forme de la soi-disant évolution pour en élaborer une autre de manière très détaillée. La raison principale de leur colère et de leurs critiques intenses à l'égard des adhérents de l'évolution progressive tient au fait que tant que leurs collègues professionnels n'acceptaient pas la stagnation dans les archives fossiles, ils feraient perdre toute crédibilité de la théorie aux yeux du public. C'est pourquoi, ils tentèrent de donner l'impression qu'ils avaient découvert une vérité dans les faits clairs révélés par les fossiles.
Le fait est, cependant, que le modèle d'évolution ponctuée est au moins aussi dépourvu de base et de preuves, et discrédité que la théorie de l'évolution graduelle.
Quant à "la perspective erronée dans le passé", Gould reconnaît qu'il s'agit de critiques à l'intention des défenseurs de l'évolution graduelle :
Nous avions depuis longtemps connaissance de la stagnation et de l'apparition abrupte, mais avions choisi de nous en débarrasser sous le motif d'archives fossiles insuffisantes.37
Comme le décrit Niles Eldredge, les avocats de l'évolution graduelle ignoraient un point très important:
Les paléontologues depuis Darwin ont cherché (principalement en vain) les séquences de fossiles progressant insensiblement qui serviraient d'exemple de la transformation de gros des espèces que Darwin avait envisagée comme le produit naturel du processus évolutionniste. Peu virent des raisons de soulever des objections - alors qu'il est un fait renversant que . la plupart des espèces restent bien identiques, quasiment inchangées à travers leur occurrence dans les sédiments géologiques des diverses ères.38
Niles Eldredge et l'archéologue Ian Tattershall du Musée Américain d'histoire naturelle soulignèrent comment l'idée de l'évolution de Darwin avait été réfutée par la stagnation dans les archives fossiles :
La prédiction de Darwin du changement rampant, bien que graduel, affectant toutes les lignées à travers le temps est réfutée. Les données sont là, et les données parlent d'une conservation anatomique formidable. Le changement à la manière escomptée par Darwin n'existe tout simplement pas dans les archives fossiles.39
Ailleurs, Stephen Jay Gould décrivit comment la stagnation, preuve de la non-évolution, était ignorée par les adhérents de l'évolution :
La stagnation, ou l'absence de changement, de la plupart des espèces de fossiles sur de longues durées géologiques était tacitement reconnue par tous les paléontologues, mais presque jamais étudiée explicitement, parce que la théorie prévalant traitait la stagnation comme une non-preuve inintéressante de la non-évolution. . La domination écrasante de la stagnation devint une caractéristique embarrassante des fossiles, qu'il valait mieux ignorer comme une manifestation de rien (c'est-à-dire la non-évolution).40
Tous les efforts de Gould et Eldredge consistaient à adapter le concept théorique de l'évolution aux archives fossiles réelles. Pour cette raison, ils suggérèrent que la stagnation elle-même était la preuve la plus importante de leurs positions évolutionnistes. D'une certaine manière, ils considéraient la nature stable des fossiles comme une preuve de changement ! Puisqu'ils ne pouvaient pas réconcilier les fossiles avec la théorie de l'évolution, ils adaptèrent la théorie aux fossiles. C'était l'état d'esprit lancé par le modèle de l'évolution ponctuée.
Dans un article dans le New Scientist, Tom S. Kemp, conservateur des collections zoologiques du musée de l'Université d'Oxford, décrivit comment les découvertes avaient été transformées en preuve en faveur de la théorie de l'évolution, comme c'est précisément le cas de l'évolution ponctuée :
En d'autres termes, lorsque les processus supposés de l'évolution ne concordèrent pas avec le schéma des fossiles qu'ils étaient supposés avoir générés, le schéma fut jugé faux. Un argument circulaire surgit : interpréter les fossiles en termes d'une théorie de l'évolution particulière, inspecter l'interprétation et remarquer qu'elle confirme la théorie. Elle allait effectivement la confirmer, n'est-ce pas ?41
D'après les défenseurs du modèle ponctué de l'évolution, la stagnation chez les fossiles représentaient l'"équilibre" dans la théorie définie comme l'équilibre ponctué. La théorie soutient que sous des pressions environnementales, une espèce peut avoir évolué en un laps de temps aussi court que quelques milliers d'années. Elle serait ensuite entrée dans une période de stagnation et serait restée inchangée pendant des millions d'années.
Par conséquent, les défenseurs croyaient que cette idée expliquerait la stagnation chez une grande partie des êtres vivants. De cette manière, ils pensaient avoir relevé le défi posé à l'évolution par les fossiles. Mais il s'agissait plutôt d'une sérieuse duperie.