Charles Darwin s'est porté volontaire pour naviguer à bord du HMS Beagle vers la fin de l'année 1831 pour un voyage officiel de cinq ans autour du monde. Le jeune Darwin fut fortement influencé par la diversité des espèces qu'il observa, particulièrement par les fringillidés (une espèce d'oiseau) des îles Galapagos. Darwin pensait que les différences observées sur les becs de ces oiseaux résultaient de leur adaptation à leurs environnements différents.

Après ce voyage, Darwin commença à visiter des foires aux animaux en Angleterre. Il constata que les éleveurs produisaient de nouvelles races de vaches en croisant des animaux aux caractéristiques différentes. Cette expérience, associée aux observations des espèces de fringillidés qu'il fit aux îles Galapagos, contribua à la formulation de sa théorie. En 1859, il publia ses conclusions dans son livre L'origine des espèces. Dans son livre, il postula que toutes les espèces descendent d'un ancêtre commun, et qu'elles ont évolué les unes des autres au fil du temps par de variations légères.

Ce qui distinguait la théorie de Darwin de celle de Lamarck était l'accent mis sur la "sélection naturelle". Pour Darwin, il existait une lutte pour la survie dans la nature et la sélection naturelle c'est la survie des espèces les plus fortes ou de celles qui s'adaptent le mieux à leur environnement. Darwin emprunta le raisonnement suivant :

Au sein d'une espèce particulière, il existe des variations naturelles et accidentelles. Par exemple, certaines vaches sont plus grosses que d'autres, tandis que d'autres ont des couleurs plus sombres. La sélection naturelle privilégie les caractéristiques favorables. Ainsi, le processus de la sélection naturelle provoque une augmentation des bons gènes au sein d'une population, ce qui permet une meilleure adaptation des caractéristiques de cette population aux conditions locales. Au fil du temps, ces changements peuvent être suffisamment importants pour donner naissance à une nouvelle espèce.

Charles Darwin a développé sa théorie lorsque la science était toujours au stade primitif. Avec des microscopes primitifs comme celui-ci, la vie semblait avoir une structure très simple. Cette erreur est à la base du darwinisme.

Cependant, cette "théorie de l'évolution par la sélection naturelle" fit naître des doutes depuis le début :

1 - Quelles étaient les "variations naturelles et accidentelles" auxquelles faisait référence Darwin ? Il est vrai que certaines vaches étaient plus grosses que d'autres, que certaines avaient des couleurs plus foncées, mais comment ces variations peuvent-elles expliquer la diversité des espèces végétales et animales ?

2 - Darwin affirma que "les êtres vivants évoluèrent graduellement". Dans ce cas, des millions de "formes transitionnelles" auraient dû exister. Pourtant aucune trace de ces créatures théoriques n'a été retrouvée dans les archives fossiles. Darwin réfléchit très longuement à ce problème et conclut finalement que "des recherches futures pourraient produire ces fossiles".

3 - Comment la sélection naturelle pourrait-elle expliquer les organes complexes tels que les yeux, les oreilles ou les ailes ? Comment est-il possible de soutenir que ces organes aient évolué graduellement, en gardant à l'esprit qu'ils ne pourraient fonctionner s'il manquait la moindre partie.

4 - Avant de réfléchir à ces questions, tenez compte de la chose suivante : comment le premier organisme, le prétendu ancêtre de toutes les espèces selon Darwin, est-il apparu ? Sachant que des processus naturels ne peuvent donner la vie à ce qui était initialement inanimé, comment Darwin pourrait-il expliquer l'émergence de la première forme de vie ?

Darwin était, sans aucun doute, conscient de certaines de ces questions, comme nous pouvons le constater dans le chapitre "Difficultés de la théorie". Cependant, les réponses qu'il fournit n'avaient aucune validité scientifique. H.S. Lipson, un physicien britannique, fait les commentaires suivants concernant ces "difficultés" :

En lisant L'origine des espèces, j'ai trouvé que Darwin était beaucoup moins sûr de lui-même qu'on ne le faisait souvent croire ; le chapitre intitulé "Difficultés de la théorie" par exemple, montre un important manque de confiance en soi. En tant que physicien, j'ai été particulièrement intrigué par ses commentaires sur la manière dont l'oil serait apparu.1

Darwin plaça tous ses espoirs dans des recherches scientifiques plus approfondies pour dissiper les "difficultés de la théorie". Mais contrairement à ses attentes, de nombreuses découvertes scientifiques récentes ont tout simplement accru ces difficultés.